清世祖顺治三年至五年(1646—1648) 蓬州连年灾荒，人食人。
    八年(1651) 清军攻陷蓬州。
    十年(1653) 南明刘文秀率军逐清军，收复蓬州。
    十六年(1659) 谭洪等降清，清军再次占领蓬州。
    清圣主康熙四年(1665) 知州郑圣瑞重建州城，六年，重建州署。
    七年(1668) 营山、仪陇直属顺庆府，蓬州不再辖县。
    十三年(1674) 吴三桂反清，发兵攻入蓬州。
    二十年(1681) 清军陈良栋攻占成都后，蓬州复为清军占领。
    二十年 夏，时州城“空城寂邃，草木愈丰，豺虎异类，与民分域而居”，知州徐浩重修州署。
    三十六年(1697) 按清廷《垦荒令》，湖广等地之民第一批进入蓬州，插占为业，辟畴筑宅。
    清世宗雍正七年(1729) 蓬州清丈田土，有田一千二百八十顷零六十亩，地一千一百六十三顷零二十八亩。
    清高宗乾隆二十四年(1759) 知州郑文坦续修蓬山书院讲堂及下舍。
    三十九年(1774) 正月，知州周天柱于州城江南岸建青云塔。
    清仁宗嘉庆二年(1797) 白莲教义军罗其清、冉文涛部由营山进入蓬州，攻铜鼓寨不下，退至徐家场，清军迭往，义军退走。
    三年(1798) 正月十二，燕山寨失火，死者200余人。
    三年 三月，张汉潮、阮文统、王聪儿等率义军数千人，由营山分取州北赛金、复兴(今属仪陇)和州东周口诸场镇，官军退守州城。义军在周口搭浮桥，拟渡江攻城，为官军以巨簟三张作假炮所惑，退走。
    四年(1799) 义军肖占国部由阆中抄袭官兵后，进据徐家场，后取道谭家山去营山。 
    五年(1800) 义军周麻花部一度攻入州东境。
    清宣宗道光五年(1825) 四月，蓬州北路许黄氏耕地得铁印，隶书“定远县印”，背镌“晏平元年颁”，亦为隶书。
    九年(1829) 知州洪运开主修《蓬州志略》十卷。
    二十七年(1847) 知州姚莹创建玉环书院。
    清文宗咸丰十年(1860) 三月，彗星出现于西天。
    十一年(1861) 四星联珠，日月合壁。
    十一年 十月二十四日，云南李永和、谢大脚等率义军12万人，战马6000匹，由广安进据州东福德场，遭李文通率乡丁抗拒，受阻于凉风垭。间道突至杨家、柳树、河舒等地，游骑进于周口。后闻敌情于军不利，于十一月初六移师营山。十二月，兰大顺率义军自南部县进据州北境。十五日，义军与官兵激战于磨岩寨下，失利，退走营山，
    清穆宗同治二年(1863) 大旱成灾，斗米值银二两八钱。
    十一年(1872) 夏，大旱。州城内玉环山有兽夜出，如小牛，长尾巨口，绿毛豹纹，食鸡、鹅、猪。
    清德宗光绪三年(1877) 夏旱。
    五年(1879) 三月初七，降大雪，四月二十八日，大降冰雹。
    七年(1881) 二月十八日，大降冰雹。
    十二年(1886) 五月，有物自空堕于利溪场，如毯如火，其色绿，及地有声，飒然旋转，数刻而没，集视无物，唯一石尚热。
    十五年(1889) 州北境大风，降冰雹大如鹅蛋，庄稼损失严重。
    十八年(1892) 夏，嘉陵江畔拂耳岩下出现地花。
    二十一年(1895) 二月二十日，降雪。五月二十五日，降冰雹。同月二十八日夜，大暴雨，杜家场侧寨垣骤崩，雷姓一家被埋而死者6人，蓝溪河(今白玉河)水陡涨，柏杨桥一陈姓人家被大水漂走，死5人。
    二十二年(1896) 二月初七，降雪。是年夏旱秋霖，庄稼欠收。
    二十三年(1897) 十月，知州方2a主修《蓬州志》，十五卷。
    二十四年(1898) 春，魏鼎创办崇实学堂，并购置时务及西学书籍。
    二十九年(1903) 嘉陵江水陡涨十余丈，淹没洪古岭山岩。
    三十年(1904) 夏旱，稻谷无收，大饥。
    三十一年(1905) 罢科举，兴学堂，蓬州就原考棚改建官立高等小学堂。
    三十一年秋 蓬州征收川汉铁路租股、购股。至宣统二年共解送公司股本银5500余两，1110股。
    宣统二年(1910) 成立州议事会，州参事会。
    三年(1911) 秋，成立保路同志分会。
    三年 十月十五日，蓬州奉四川军政府文告，即悬挂汉旗，城乡一律反正，知州曾习鑫旋即逃离。
    三年 十月二十日，广安大汉蜀北军政府周铭盘等率军攻破蓬州城，其部纪律松弛，抢劫衙署、局所、学校、当铺，并分队徇乡，索供饷需，到利溪北岸，为民团所败。十一月广安胡孟辉率队到蓬，以周部扰乱地方，将其逮捕入狱。十二月，川北宣慰使张澜赴蓬提讯周，断令偿银千两。同时与地方筹商善后事宜，安定民众，并委杨承宪权代知州署事。